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伴隨“菜籃子”工程建設與畜牧業(yè)的快速發(fā)展，全市出現(xiàn)了一批規(guī)模化的畜禽養(yǎng)殖場以及畜禽養(yǎng)殖村和專業(yè)大戶，其中相當一部分集中在太湖流域。由于畜禽飼養(yǎng)相對集中，以及糞便處理的意識和設施配套相對滯后，對環(huán)境造成了一定污染。隨著我市太湖流域污染治理力度的加大，如今，河道周邊的畜禽養(yǎng)殖場也納入整治的重點范圍。
我市境內地處太湖流域的河流主要有三條，分別為九曲河、丹金溧漕河、通濟河，流經丹徒、丹陽及句容的12個鄉(xiāng)鎮(zhèn)125個畜禽規(guī)模養(yǎng)殖場（戶）。三條河道周邊畜禽養(yǎng)殖主要以生豬和家禽為主，家禽包括肉禽和蛋禽，其中規(guī)模養(yǎng)殖戶有382戶。
據(jù)市畜牧獸醫(yī)局疾控中心主任姚偉民分析，由于畜禽養(yǎng)殖業(yè)從傳統(tǒng)農戶分散養(yǎng)殖轉向集約化、工廠化養(yǎng)殖，畜禽糞便污染負荷量大幅增加，而且越來越集中，養(yǎng)殖場周圍沒有大片的土地對其進行消化，各地出現(xiàn)了許多新的大型污染源。另外，養(yǎng)殖業(yè)從農村向城市、城鎮(zhèn)周邊大量轉移，也使得城市、城鎮(zhèn)的環(huán)境壓力越來越大。值得注意的是，集約化程度越來越高，專業(yè)化程度也越來越明顯，導致了養(yǎng)殖業(yè)與種植業(yè)的脫節(jié)。由于畜禽糞便不能及時回收利用，使畜禽糞便處理出現(xiàn)了變“寶”為“廢”、由“利”轉“害”質的變化。
如何處理畜禽養(yǎng)殖場衍生的污染？我市多措并舉，嚴格執(zhí)法監(jiān)督，對地處主要河流和集中居民區(qū)的養(yǎng)殖場堅決予以關閉。而對其他畜禽養(yǎng)殖場按照“減量化、無害化、資源化、生態(tài)化”原則，實行綜合利用優(yōu)先，先處理后利用，以達到減排和零排的目標。市畜牧獸醫(yī)局有關人士表示，近年來農業(yè)部門大力推廣應用有機肥，減少化學肥料的使用量。從某種意義上看，畜禽糞便本身便是寶貴的資源，它的廣泛使用也是我市農業(yè)可持續(xù)發(fā)展的重要保證。目前對它的處理主要有以下途徑：鼓勵畜禽養(yǎng)殖場建設大型沼氣工程，堆積發(fā)酵后直接還田；改進或改建畜禽場的建筑設計，改水沖清糞為干式清糞、改無限用水為控制用水、改明溝排污為暗道排污，固液分離、雨污分流，進行處理后制成初級有機肥，供農田、林地施肥利用。
更為先進的技術，還包括從日本鹿兒島大學引進的土著菌養(yǎng)殖技術：通過采集本地土壤中的多種有益微生物，經培養(yǎng)后按照一定比例，與鋸木屑及一定量的活性劑混合，發(fā)酵后置入特殊設計的豬舍，再將仔豬放入豬舍。無需人工處理，豬的排泄物自行被微生物吸收消化，而且豬舍沒有臭味，出產的豬肉品質大為提高。今年7月，省委常委、副省長黃莉新在考察我市丹徒區(qū)天成畜禽生態(tài)養(yǎng)殖場后對該項技術給予充分肯定，認為此舉為探索治理太湖流域畜禽污染作出了貢獻，并要求在全省特別是環(huán)太湖流域畜禽規(guī)模養(yǎng)殖場大力進行推廣。
